一．下载并安装这个软件
下载地址进下面，但是下载源码安装总是很困难，我直接下载bin文件可执行程序。
解压进入目录
首先make
然后makeinstall即可
安装总是失败，我也不知道怎么回事，懒得解决了。
直接去我老师那里把这个程序拷贝进来了。
也可以直接下载bin程序
二．准备测试数据
类似于这样的几个文库的左右两端测序数据。
我这里用一个小样本的单端数据做测试
三，参考命令
Youmayrunitlikethis:
总共就四个步骤，介绍如下。
./pregraph_sparse[parameters]
./SOAPdenovo-63mercontig[parameters]
./SOAPdenovo-63mermap[parameters]
./SOAPdenovo-63merscaff[parameters]
i)preparingthepregraph.Thisstepissimilartovelvethforvelvet.
ii)Determiningcontigs.Thisstepissimilartovelvetgforvelvet.
iii)Mappingbackreadsontocontigs.
iv)Assemblingcontigsintoscaffolds.
SOAPdenovo-63mersparse_pregraph-sconfig_file-K45-p28-z1100000000-ooutPG
SOAPdenovo-63mercontig-goutPG
SOAPdenovo-63mermap-sconfig_file-goutPG-p28
SOAPdenovo-63merscaff-goutPG-p28
官网给出的步骤如下
这个命令还需要一个配置文件
max_rd_len=99设置最大reads长度，具体情况具体定义
[LIB]第一个文库数据
avg_ins=225
reverse_seq=0
asm_flags=3
rank=1
q1=runPE_1.fq
q2=runPE_2.fq
[LIB]第二个文库数据
avg_ins=2000
reverse_seq=1
asm_flags=2
rank=2
q1=runMP_1.fq
q2=runMP_2.fq
也可以全部一次性的搞一个命令
all-sconfig_file-K63-R-ograph_prefix1>ass.log2>ass.err
我简单修改了一下参考博客的代码跟官网的代码，然后运行了我自己的代码
/home/jmzeng/bio-soft/SOAPdenovo2-bin-LINUX-generic-r240/SOAPdenovo-127mer
all-sconfig_file-K63-R-ograph_prefix1>ass.log2>ass.err
反正我也不懂，就先跑跑看咯
我选取的是7个单端数据，所以我的配置文件是
max_rd_len=500
[LIB]
avg_ins=225
reverse_seq=0
asm_flags=3
rank=1
p=SRR07.fa
p=SRR07.fa
p=SRR07.fa
p=SRR07.fa
p=SRR07.fa
p=SRR07.fa
p=SRR072029.fa
四．输出数据解读
好像我的数据都比较小，就7个三百多兆的fasta序列，几个小时就跑完啦
四个步骤都有输出数据
好像组装效果惨不忍睹呀！共86万的contig，50多万的scaffold
scaffolds>100 505473 99.60%
scaffolds>500 113523 22.37%
scaffolds>1K 48283 9.51%
scaffolds>10K 0 0.00%
scaffolds>100K 0 0.00%
scaffolds>1M 0 0.00%
这其实都相当于没有组装了，因为我的测序判断本来就很多是大于500的！
可能是我的kmer值选取的不对
Kmer为63跑出来的效果不怎么好，86万的contig，50万的scaffold的
Kmer为35跑出来的效果更惨，203万的contig，近60万的scaffold。
我觉得问题可能不是这里了，可能是没有用到那个20k和3k的双端测序库，唉，其实我习惯了illumina的测序数据，不太喜欢这个454的
感觉组装好难呀，业余时间搞不定呀，希望有高手能一起交流，哈哈，我自己再慢慢来试试。
